L’IMAF est né le 1er janvier 2014 de la fusion de trois laboratoires : le Centre d’études des mondes africains (CEMAf), le Centre d’études africaines (CEAf) et le Centre d’histoire sociale de l’islam méditerranéen (CHSIM). Il était établi sur quatre sites (Aix-en-Provence, Ivry-sur-Seine, rue Malher et bd Raspail à Paris, jusqu’au regroupement des trois sites de la région parisienne sur le campus Condorcet (Aubervilliers) en septembre 2019. La MMSH abrite l’équipe aixoise (ex CEMAf) investie par ailleurs dans deux masters d’anthropologie et un master d’histoire d’Aix-Marseille Université.