La MMSH développe avec la ville de Marseille un partenariat riche et varié.
Une convention-cadre de partenariat scientifique de coopération scientifique et culturelle dans les domaines de la fabrique et de la transformation de l’urbain en vue d’accompagner les politiques publiques notamment en matière de transition écologique comprise dans un sens large pour répondre aux crises sociales, économiques et environnementales. L’Observatoire ville en transition de la MMSH en assure la mise en œuvre.

La MMSH est partenaire avec La Ville de Marseille et l’INRAP dans l’organisation des Journées européennes de l’archéologie (JEA) de Marseille. Partout en France et en Europe, les JEA sont l’occasion de découvrir l’archéologie dans 30 pays grâce à plus de 5000 événements.

Passionnés d’histoire ou simples curieux, familles et scolaires sont invités à découvrir les coulisses du patrimoine et de la recherche archéologiques. Les Journées européennes de l’archéologie sont pilotées par l’Inrap sous l’égide du ministère de la Culture et se déclinent partout sur le territoire. L’édition marseillaise compte parmi les plus importantes. La mission patrimoine de la Direction de la culture de la Ville de Marseille mobilise à cette occasion l’ensemble des musées municipaux, notamment le musée d’histoire de Marseille, le musée d’archéologie méditerranéenne et le museum d’histoire naturelle.

La MMSH accompagne en 2025 le lancement et l’organisation du festival «La folle histoire de Marseille» porté par le musée d’histoire de Marseille en partenariat avec le journal La Provence et le magazine L’Histoire.