Outre le travail des équipes de conservation, la recherche scientifique au musée porte sur l’histoire culturelle et les dynamiques contemporaines des sociétés d’Europe et de Méditerranée, en adoptant une démarche ethnographique : elle s’applique à la relecture et à l’enrichissement des collections, à la muséologie et aux expositions, à la création artistique, au rôle social et patrimonial du musée. Elle favorise la collaboration entre la communauté académique, les professionnels du patrimoine, les artistes et les créateurs, les acteurs de la société.
Les activités dans les domaines de la recherche et de la formation reposent sur des partenariats structurants avec des établissements de référence dont AMU et le CNRS. C’est à ce titre que la communauté MMSH a tissé des liens de longue date avec le Mucem, partenaire de nombreux projets scientifiques.